平和宁静的日本一隅——龙宫岛上人们幸福安详地生活着“你……在那里……吗？”一个遥远魑魅的声音传来从苍穹之间袭来，一切的伪装被卸下，战火开始燃烧，这里将不再平静……29年前，龙宫岛乃至日本就早已不存在于地球的版图之上，这一切的迷团随着危险生物Festom的到来逐渐展开。龙宫岛上的少年真壁一騎在Fafner驾驶员丧生的情况下，无奈的踏上了驾驶巨人Fafner保护这块乐园的旅途。是坚决保护最后的乐园？还是懦弱的逃避现实？紧握好友皆城総士的手开始不知终点的旅行……
